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El Padre de Naruto era el Cuarto Hokage o Yondaime (que significa cuarta sombra de fuego).

Su nombre es Minato Namikaze(波風ミナト, Namikaze Minato), confirmado en el capitulo 367 del manga de Naruto, lo que descarta el supuesto nombre que aparecia en el pergamino que firma Naruto para invocar a Gamabunta.(Gran Rana)

Minato fue considerado como el mas grande ninja de todos los tiempos. Era conocido como El rayo amarillo de Konoha, dada su capacidad de desplazarse y luchar a gran velocidad. Esto se debia a una tecnica que usaba, Hiraishin no jutsu, evolucion del Shunshin no jutsu, y al color de su cabello.
Minato fue alumno de Jiraiya, uno de los sannin, pero se desconoce la identidad de sus compañeros de equipo. Mas tarde, como se muestra en el Kakashi Gaiden, se convirtio en el sensei jōnin de Kakashi Hatake, Rin, y Obito Uchiha (que fue quien le dio el ojo del Sharingan a Kakashi; y posteriormente se une a Akatsuki con el nombre de Tobi, despues revela su verdadero Nombre: Madara Uchiha, y es el lider de Akatsuki). En esta epoca ya era una leyenda entre los ninjas de Konoha y las demas aldeas, y temido por el enemigo por sus habilidades, al punto que durante la Tercera Guerra Ninja se dio una orden de que si se le veia, huir de inmediato.

Minato desarrollo el Rasengan, tardando tres años en aprenderlo a la perfeccion.

Debido a su gran experiencia en batalla y a su talento, fue postulado al puesto de Hokage por Sarutobi, que entonces ocupaba el cargo, mostrando asi que no confiaba en su propio alumno, Orochimaru, por sus ideas y su forma de actuar.

Al convertirse en Hokage, Konoha vivio una corta epoca de paz, que pronto se rompio con la llegada de Kyūbi. Para poder contener el poder de este Bijū, uso el Fūin jutsu: shiki fūjin, una tenica prohibida de sellado (La misma que Usa el Tercero para quitarle las tecnicas a Orochimaru, durante los examenes Chunin) con la que pudo encerrar al zorro dentro de su hijo recien nacido, Naruto Uzumaki, al precio de pasar el resto de la eternidad con su alma siendo devorada por el Dios de la Muerte que habia invocado para realizar el sello. Su ultima voluntad fue que Naruto fuese reconocido como un heroe por salvar a la aldea, pero esta peticion no fue honrada por los aldeanos. El cuarto Hokage es el padre de Naruto,segun se dice en el capitulo 367 del manga en una charla entre Jiraiya y Tsunade. Tambien dicen que Naruto se parece a su madre, Kushina Uzumaki, en su personalidad y su forma de pelea, y a su padre fisicamente.

Jiraiya piensa que Minato debio tener una razon para encerrar al Kyūbi dentro de su propio hijo, y dejar parte de su poder parcialmente sellado para que dispusiera de el conforme el sello se debilitara. En el capitulo 382, durante un recuerdo de Jiraiya, Se ve como Minato alaba el libro de su maestro (que no tiene nada que ver con la coleccion Icha Icha) y le gusta tanto el protagonista de la obra que decide ponerle su nombre a su hijo.